Institucije i Javne ustanove u nadležnosti Ministarstva
- Fond za zaštitu okoliša i energetsku učinkovitost
- Državni hidrometeorološki zavod
- Hrvatske vode
- Agencija za ugljikovodike
- Parkovi Hrvatske
- Hrvatska akreditacijska agencija
- Hrvatski zavod za norme
- Hrvatska agencija za malo gospodarstvo, inovacije i investicije
- Državni zavod za mjeriteljstvo
- Institut za vode „Josip Juraj Strossmayer“